一，真空滤油机应尽量靠近变压器或油罐，吸油管路不宜过长，尽量减少管路阻力，否则会因吸油管路过长，吸油管路阻力太大，影响滤油质量。
二，在使用中，用户要经常检查真空滤油机各油管接头、阀门是否有堵塞、漏油等情况，检查进、出油管安装是否正确，检查所有转动部分是否卡阻，如发现问题应立即停机检查、处理。另外，滤油机及油系统的金属管道应采取防静电接地措施。若可以的话，用户要进行试转，检查油泵、真空泵等电机转向应符合要求。
三，用户要先启动冷却水泵，检查水路循环是否正常，之后点动真空泵，使真空泵内的食用油等油液能正常运行，再使真空泵连续运转。随后启动排油泵开关，开始排油过滤杂质，油路正常循环，打开加热器开关，挥发食用油等油液中的水分。若水分太多则要打开放气控制适应的真空度，水分较少时则关闭放气阀。
四，当油液循环正常后，按下电加热启动按钮，对油液进行加热，温控仪通常设定为40℃—80℃。当油液温度升高到设定温度后，真空滤油机会自动关闭加热器，当油温低于设定温度时，加热器又会自动启动，以便保持加热均匀、恒温，减少温度忽高忽低对食用油等油液品质的影响，提高滤油质量。
五，在真空泵工作时，用户应注意油标显示的油液情况，油液要在油标线上。若是真空泵油中水分较多时，要及时更换。此外，在运行中，发现积存在储水器中的积水满时，可手动操作放水阀实施放水。与此同时，用户还要随时注意真空泵及相应的运行噪声是否正常，如异常应立即排除，否则直接影响设备正常工作。
